В папке examples есть готовая программа 1-helloLed.f
Не смотря на примитивность (включить светодиодик), он призвана прежде всего научить запуску ассемблера и позволить начать работу. Если удастся ее скомпилировать и прошить, значит все у Вас работает и можно двигаться дальше.
Для начала нужно не просто скачать файлы из директории AVR, но и расположить их в нужном месте, то есть в папке devel/~iva/AVR или хотя бы сделать симлинк оттуда на реальное расположение файлов.
Для запуска нужно выполнить команду: spf4 1-helloLed.f
Запуск нужно производить из папки содержащий это самый файл (1-helloLed.f) или в команде указать, где он находится.
Сработать должно даже в Windows, только chip! не сработает, так использует системные вызовы, но hex должен получится, а в консоли будет примерно такой вывод:


Это выхлоп дисассемблера по слову listing в коде, просто что бы показать, что система работает.
После в директории должен найтись файл helloLed.hex, его можно скормить стороннему программатору, например через avrdude.
Встроенный программатор удобнее, но работает только в Ubuntu, он одномоментно прошьет все, что нужно, включая eeprom, fuse и lock, если их значения отличны от дефолтовых.